Khoa Công Nghệ Sinh Học có 14 phòng thí nghiệm - PTN phục vụ cho các lớp thực hành từ đại cương đến chuyên ngành của năm bộ môn: Công nghệ sinh học, Công nghệ thực phẩm, Hóa ứng dụng, Khoa học thủy sản và Kỹ thuật hóa học. Những thiết bị hiện đại tại các PTN đã đáp ứng được nhu cầu làm đề tài và nghiên cứu của sinh viên, nghiên cứu viên và giảng viên. Một số PTN đang thực hiện đề tài cấp nhà nước như PTN Tái biệt hóa tế bào và CNSH Thực vật.

Phòng thí nghiệm hóa dược được đầu tư 02 tỷ đồng, diện tích 90 m2  và bắt đầu đưa vào sử dụng từ năm 2014. Phòng thí nghiệm được xây dựng nhằm mục đích phục vụ cho các môn học cơ sở ngành và các nghiên cứu chuyên sâu gồm:

• Hóa thực nghiệm,

• Hóa sinh,

• Hóa phân tích,

• Hóa sinh nâng cao,

• Hóa phân tích đại cương,

• Thiết bị hóa phân tích,

• Hóa dược,

• Hóa vô cơ,

• Hóa hữu cơ

Ngoài ra phòng thí nghiệm còn phục vụ cho các thí nghiệm nghiên cứu khoa học trong đề tài tốt nghiệp của sinh viên đại học và sau đại học và trong các đề tài nghiên cứu cấp Nhà nước, Bộ, Trường về hóa dược.